Desde que comenzó a operar, Flybondi tuvo más errores que aciertos. En esta oportunidad, uno de sus aviones presentó una avería en los motores y por esto, el vuelo FO 5014 que debía partir a las 23.30 desde Pajas Blancas, Córdoba, hasta el aeropuerto de El Palomar fue cancelado y los pasajeros reaccionaron con golpes de puño y patadas contra los empleados de la low cost. Policías tuvieron que intervenir para calmar la situación y los damnificados fueron trasladados a diferentes hoteles a la espera de poder salir en vuelos de Aerolíneas Argentinas.
Sin embargo, a esta problemática se le suman las cancelaciones planificadas de rutas completas con reprogramación de casi 100 vuelos y miles de pasajeros afectados. Se trata de rutas hacia y desde Corrientes y Jujuy hasta el 28 de marzo, fecha en que la Justicia determinará si le permite realizar más vuelos que los tres diarios que tiene autorizados actualmente. Esto obliga a la empresa a reprogramar 72 vuelos que ya tenían pasajes vendidos y los pasajeros deberán optar por viajar luego del plazo previsto o solicitar la devolución del importe.
Desde sus inicios, la empresa de bajo costo no pudo cumplir con gran parte de los viajes vendidos. Demoras en las salidas, valijas que llegaron después a destino, cancelaciones a último momento, pasajeros varados en aeropuertos, figuran entre algunos de los inconvenientes reportados hasta la fecha.
